ESM ir Valde un Direktoru padome, kā arī rīkotājdirektors un pārējais speciālais personāls. Valdes un Direktoru padomes lēmumus pieņem, savstarpēji vienojoties, ar kvalificētu balsu vairākumu vai vienkāršu balsu vairākumu. Attiecībā uz visiem lēmumiem ir jābūt 2/3 dalībnieku ar balsstiesībām kvorumam, pārstāvot vismaz 2/3 no balsstiesībām.
Pieņemot lēmumu savstarpēji vienojoties, nepieciešama balsojošo dalībnieku vienprātība. Lēmuma pieņemšanā ar kvalificētu balsu vairākumu ir vajadzīgi 80% derīgo balsu. Lēmuma pieņemšanā ar vienkāršu balsu vairākumu ir vajadzīgs derīgo balsu vairākums. Katras ESM dalībnieces balsstiesības, ko Valdē vai Direktoru padomē īsteno tās ieceltā persona vai pēdējās pārstāvis, ir līdzvērtīgas tai piešķirto akciju skaitam ESM parakstītajā kapitālā.
Klaus Redlings ir pirmais un pagaidām vienīgais ESM rīkotājdirektors. Rīkotājdirektoru ieceļ Valde uz atjaunojamu 5 gadu termiņu.
Saskaņā ar likumu „Par Latvijas pārstāvību Eiropas Stabilitātes mehānisma valdē un Direktoru padomē” Ministru kabinetam par Latvijas pārstāvi Valdē ir jāieceļ finanšu ministrs, bet pārstāvja vietnieku Valdē Ministru kabinetam ir ieceļ pēc finanšu ministra priekšlikuma. Savukārt Latvijas pārstāvis un viņa vietnieks Direktoru padomē ir jāieceļ finanšu ministram. Atkarībā no pieņemamā lēmuma veida Latvijas pārstāvim Valdē ir jāsaņem Saeimas, Saeimas Budžeta un finanšu (nodokļu) komisijas, Ministru kabineta piekrišana, vai arī Latvijas pārstāvis Valdē lēmumu ir tiesīgs pieņemt patstāvīgi.