ES fondu Revīzijas iestāde veic divu veidu pārbaudes, kuru rezultātus apkopojot un analizējot, sagatavo Gada kontroles ziņojumu un sniedz atzinumu Eiropas Komisijai.
ES fondu administrējošo iestāžu darbu ik gadu pārbauda sistēmas audita laikā. Pēc veiktā sistēmu audita, iestādes vadības un kontroles sistēmu novērtē vienā no četrām EK vadlīnijām atbilstoši izstrādātajām kategorijām:
- Sistēma darbojas labi, trūkumi nav konstatēti vai ir konstatēti maznozīmīgi trūkumi;
- Sistēma darbojas, bet nepieciešami atsevišķi uzlabojumi;
- Sistēma darbojas daļēji, ir nepieciešami būtiski uzlabojumi;
- Kontroles sistēma nedarbojas.
Gadījumā, ja novērtējums ir 3. vai 4. līmenī, tad ES finansējums tiek apturēts.
Projektu pārbaudes veic, lai pārbaudītu realizētos projektus. Sākumā tos atlasa ar IT programmas palīdzību. Tālāk, veicot padziļinātu dokumentācijas un citas pieejamās informācijas izpēti, pārliecinās, vai ES fondu līdzekļi iztērēti atbilstoši prasībām.
Ja konkrēta projekta pārbaudes laikā tiek konstatētas kļūdas, ES fondu revīzijas iestāde ierosina ES fondu administrējošajai iestādei piemērot finanšu korekciju.
Atzinums par Latvijā izveidotās ES fondu sistēmu darbības efektivitāti, kā arī sertificēto izdevumu likumību un atbilstību Eiropas Komisijai tiek sniegts par katru kalendāro gadu, balstoties uz gada kontroles ziņojumā apkopotajiem rezultātiem. To ES fondu Revīzijas iestāde sniedz “bez iebildumiem” vai “ar iebildumiem”. Ja atzinums sniegts ar iebildumiem, pastāv iespēja, ka finansējums tiek apturēts, līdz trūkumi tiek pilnībā novērsti.