Latvijā Kohēzijas fonda, Eiropas Sociālā fonda, Eiropas Reģionālā attīstības fonda, kā arī EEZ un Norvēģijas grantu vadošā iestāde ir Finanšu ministrija. Vadošā iestāde atbild par efektīvu, caurredzamu un drošas finanšu vadības principiem atbilstošu ES fondu un EEZ un Norvēģijas grantu ieviešanu.
Vadošā iestāde, sadarbojoties ar atbildīgajām iestādēm un konsultējoties ar sociālajiem, nevalstiskā sektora un reģionālajiem partneriem, izstrādā ES fondu plānošanas dokumentus, tādējādi nodrošinot partnerības principa ievērošanu plānošanas dokumentu sagatavošanā, kā arī nodrošina ES fondu starpnozaru koordināciju. Tāpat vadošā iestāde nodrošina ES fondu uzraudzību, izvērtēšanu, komunikācijas vadību u.c. funkcijas.